Das die Leiterplatte kürzer ist, als der Kühler, ist ja fast schon Standard. Weil man mit einem kleineren Leiterplattenformat ein gutes Stück Herstellungskosten einsparen kann.
Das Kühlervolumen zu beschneiden, ist aber mMn auch keine Lösung.
Da halte ich einen vernünftigen 12V Header auf der BackplateSeite immer noch am sinnvollsten. Auch wenn so eine Header Ausrichtung nicht mehr PCI konform ist, weil man keine zwei Grafikkarten mehr neben einander auf ein normales Motherboard stecken kann. Aber wer verbaut schon zwei moderne Grafikkarten auf einem normalen Motherboard. Wenn überhaupt, verwendet man für eine DoppelGrafikkartenSetup doch gleich ein Motherboard, mit vergrößerten PCIeSlot Abstand, schon allein wegen der besseren Kühlung.